Medien für den Atari besitzen in der Regel einen Rootsektor im alten MBR-Format. Bis zu 4 Partitionen werden im Rootsektor definiert, alle weiteren Definitionen sind in speziellen Strukturen (XGM) über die Platte verteilt. Dieses Format ist in der AHDI-Spezifikation beschrieben. DOS und Windows handhaben es beim MBR-Schema ähnlich, aber die Partitionstabelle ist anders aufgebaut als bei TOS, was die Kompatibilität beeinträchtigt.

Bei einer GUID-Partitionstabelle befinden sich alle Partitionsdaten (in der Regel für bis zu 128 Partitionen) auf den ersten Sektoren. Auf den letzten Sektoren befindet sich stets ein komplettes Backup dieser Tabelle. Die Integrität der Partitionsdaten ist über Prüfsummen abgesichert. Medien mit einer Kapazität von mehr als 2 TiB erfordern zwingend ein GPT-Schema, da ein MBR auf 32-Bit-Sektornummern beschränkt ist. 64-Bit-Sektornummern auf dem Atari werden in Verbindung mit HDDRIVERs SCSI-Treiber von Tools wie HDDRUTIL oder DISKUS unterstützt. Die Daten auf den Bootsektoren ändern sich mit einem GPT-Schema nicht, nur der Aufbau der Partitionstabelle ist anders.
Beim Atari hängt es von der Festplattensoftware ab, ob ein GPT-Schema genutzt werden kann. HDDRIVER unterstützt GPTs seit Version 10.10, HDDRUTIL seit Version 12.50.

Auch der Atari profitiert von einem GPT-Schema. Unten sind die wichtigsten Vor- und Nachteile für den Atari zusammengefasst.

• Verbesserte Kompatibilität mit anderen Plattformen, da der Aufbau der Partitionstabelle bei allen Plattformen identisch ist. Medien ohne FAT16-Partitionen erfordern kein spezielles TOS/Windows-Format mehr. Daher erzeugt HDDRUTIL nur dann ein solches Format, wenn es notwendig ist.
• GPTs verbessern die Kompatibilität mit Linux deutlich.
• GPTs sind zukunftssicher für den Fall, dass wie schon Linux auch Windows oder macOS eine strikte Validierung der Partitionsdaten einführen und TOS/Windows-kompatible MBR-Partitionen nicht mehr funktionieren.
• Linux erkennt TOS-Partitionen ohne spezielle Kernel-Konfiguration und ohne die Verwendung von TOS/Windows-kompatiblen Partitionen. TOS-Partionen lassen sich daher direkt mounten. Linux unterstützt bei FAT16-Dateisystem bis zu 4096 Bytes pro logischem Sektor, so dass Linux TOS-Partitionen bis zu 256 MiB mounten kann.
• Partitionen verschiedener Betriebsysteme können unabhängig voneinander koexistieren.
• Prüfsummen stellen die Integrität der Partitionsdaten sicher. Fehlerhafte Daten lassen sich daher von HDDRUTIL oder anderen Tools erkennen.
• Erhöhte Datensicherheit durch ein obligatorisches Backup der Partitionstabelle. HDDRUTIL kann die Tabelle wiederherstellen, auch für andere Plattformen.
• Tools für andere Plattformen können wie HDDRUTIL eine GPT für den Atari reparieren und umgekehrt, z. B. fdisk.
• Transparentere Partitions-Parameter wegen des Wegfalls aller Altlasten.
• Anhand standardisierter Attribute erkennt HDDRIVER, ob eine Windows- oder TOS-Partition schreibgeschützt oder versteckt ist.

• Auf dem Atari unterstützen zur Zeit nur HDDRIVER und HDDRUTIL das GPT-Schema.

Man sollte ein GPT-Schemas nicht nur zum Datenaustausch mit anderen Plattformen in Betracht ziehen. Bereits die höhere Datensicherheit (Wiederherstellung der kompletten Partitionstabelle) kann für ein GPT-Schema sprechen.

MBR-Partitionstypen bestehen beim Atari aus drei Zeichen, in der Regel Großbuchstaben. Bei DOS/Windows besteht jeder MBR-Typ aus einem Byte. GPT-Partitionstypen werden durch eine 16 Bytes umfassende plattformunabhängige eindeutige ID (GUID) repräsentiert. (Diese GUID für den Typ ist nicht zu verwechseln mit der GUID für die Partition als solche.) Partitionen für verschiedene Plattformen können auf demselben Medium koexistieren. GUIDs für Partitionstypen werden wie folgt auf die beim Atari benutzten Typen abgebildet.

Aktuelle Versionen des util-linux-Pakets, das fdisk beinhaltet, erkennen die GPT-Partitionstypen für den Atari.
Wenn möglich verwendet HDDRIVER für XHDI-Typen die TOS-Typen statt der äquivalenten DOS-Typen. Beim Partitionieren mit einem GPT-Schema legt HDDRUTIL statt der MBR-Typen automatisch die korrespondierenden GPT-Typen an, so dass man nicht umdenken muss. Die Partitionierung erfolgt wie gewohnt, und nach außen hin erscheinen stets die bekannten MBR-Typen. Auch sonst gibt es im normalen Betrieb keine sichtbaren Änderungen.